消化池設計和運行中另一重要問題是攪拌系統的選擇，良好的攪拌必須滿足下列要求：① 維持進料污泥和池內活性生物菌落之間的均勻分配；② 稀釋池內產酸生物反應的產物，防止對微生物生長不利因素的出現；③ 有效稀釋污泥基質中的有毒和抑制生物反應的有害物質；④ 消化池的體積能夠得到有效利用。

　　為了達到這些目標，人們多年來對攪拌系統和消化池的形狀結構進行了廣泛的開發和研究。雖然有時不同的攪拌方式可產生同樣的攪拌效果，但是能耗和維修費用有較大的差異。污泥消化池常用的三種攪拌方式是：沼氣攪拌、機械攪拌(包括常規的單純螺旋槳式攪拌和池中間帶一垂直導流管的機械攪拌和污泥循環攪拌。

　　沼氣攪拌是將在消化池上部收集的一部分沼氣經壓縮機壓縮后，再經消化池內的噴嘴或氣體噴管從消化池底部噴入池內，它的攪拌作用是通過氣體向上的流動來實現的。池中間帶一垂直導流管式機械攪拌系統，是在消化池頂部的回流管上安裝一攪拌器，污泥循環系統攪拌是從消化池上部和底部的某一位置引出污泥，然后從池內的另一個位置將污泥重新打回池內。

　　根據國內污水處理廠使用沼氣攪拌的經驗來看，沼氣攪拌設備多，工藝復雜，能耗高，接口 密封困難。

　　卵形消化池獨特的形狀使其易于選擇簡單的機械攪拌系統，因此國內外大部分卵形消化池都使用機械攪拌。導流管式機械攪拌因其污泥流線形與卵形池結構接近一致，更適合于卵形池的攪拌。